En 2003 fue elegido intendente de la ciudad de Rosario, siendo reelecto en el cargo en 2007. En las elecciones generales del 2 de septiembre del 2007, logró una victoria histórica para el socialismo en la ciudad de Rosario, venciendo al candidato del FPV  (PJ), el ex intendente Héctor Cavallero. Lifschitz obtuvo el 57,10% de votos.